Sau khi Thiền sư Tử Dung viên tịch tại chùa Ấn Tông, đồ chúng lập tháp thờ trong vườn chùa. Năm Thành Thái thứ 9 (1897), nhà vua cho mở đường lên đàn Nam Giao. Vì đường này đi xuyên qua khuôn viên chùa Từ Đàm (tức Ấn Tông), nên vua ban lệnh cho Trụ trì là Thiền sư Thanh Hiệp - Tường Vân dời 5 bảo tháp chứa di cốt của chư Tổ (trong đó có tháp của Thiền sư Tử Dung) sang khuôn viên chùa Báo Quốc ở gần đó. Bia tháp hiện nay của Thiền sư Tử Dung chỉ đơn giản là "Truyền Lâm Tế Chánh tông, đệ tam thập tứ thế, thượng Tử hạ Dung, Húy Minh Hoằng Đại lão Hòa thượng chi tháp" [9].